Vid stenålderns slut, för cirka 3 500 år sedan, stack ett antal kobbar upp bland dyningarna till vad som skulle bli dagens Tynningö. Namnet Tynningö kan ha uppstått redan på vikingatiden. Platsen benämndes Thyninge första gången 1322 i en köpehandling som bevittnades av en Karl från Thyninge.
Senare fick Stockholms borgare ön som tack för att en stadsport öppnades för Engelbrekt 1436, så att han kunde ”ta” Stockholm från danskarna.
Gåvan bekräftades av Gustav Vasa år 1529 som likafullt gav bort ön till Jöns på Tinningha 1545. Gustav Vasa återtog ön 1551 varefter ön blev Kungsladugård under en kort tid. Erik XIV införde begreppet säteri och 1560 fick Jakob Bagge Tynningö.
Under 1600- och 1700-talet skiftade ön ägare flera gånger. En flygel av Tynningö säterigård finns kvar från tidigt 1700-tal. 1744 fungerade Mårten Kling som öns befattningsman. Hans namn lever vidare i namnet ”Klingens Kärr” (hållplats 7), vilket han lät utdika.
På 1800-talet styckades ön i mindre bondejordbruk. Betesmarken utökades. Då var tillgången på rinnande vatten som störst. På våren sänkte bönderna nivån på den insjö som låg vid nuvarande betesängar (vid slalombacken) genom att låta vattnet forsa ut i Saltsjön vid Åkershov. Strömmarna drev kvarnstenarna. Dessa ligger ännu kvar och området kallas för Kvarntäppan. Ett brett och långt dike grävdes också så att vatten kunde rinna ut i insjön Stora Maren.
Ny och bördig åkermark kunde därefter brukas. Den djupa och breda utdikningen finns kvar på flera ställen. Det pågick jordbruksverksamhet på ön till 1980-talet.
I början av 1900-talet styckades delar av Tynningö i mindre tomter. Fastigheterna såldes till sommargäster som tog sig till Tynningö med ångbåt. Under 1920- och 30-talen besökte många barn och ungdomar Tynningö varje sommar på Dagens Nyheters ”dag-kollo” vid Snickarbacken och Sunnerdalska stiftelsen som ägde hus vid Norra Tynningö brygga.

Tynningö klack är en av skärgårdens s k bötesberg, d v s ett högt berg med fri sikt som utgjort ett led i en lång signalkedja av vårdkasar utefter kusten. Tändes en vårdkase för att varna en annalkande fiende, så skulle de andra följa efter. Själva kasen bestod av rest ved, timmer, ris och annat lättantändligt material. Vårdkasarna bemannades ännu så sent som 1854 under Krimkriget. Det äldre namnet på berget, Tynningöböte eller Södra bötet, syftar på att det är ett vårdkaseberg. Det fornsvenska ordet böte betyder en framforslad hög ved eller timmer. Vårdkasesystemet är troligen av förhistoriskt ursprung. Det är möjligt att den delvis stensatta stigen upp till berget användes av bötesvakten.

Läs mer:
Stora Ekholmen
Böcker om Tynningö